O nome de batismo de Mercator era Gerard de Cremer (ou Kremer em alemão). Nasceu em 5 de março de 1512, em Rupelmonde, na região de Flandres (hoje Bélgica), perto do porto de Antuérpia, e foi o sétimo filho de Hubert e Emerentia, de origem alemã. O pai era sapateiro com poucas condições financeiras e trabalhava na agricultura. Gerardus, logo que pôde, começou a estudar na escola elementar e quando completou sete anos já era fluente na escrita do latim.
Em 1526, com a morte do pai, sua educação ficou sob a responsabilidade do tio Gisbert, irmão de seu pai, que era padre em Rupelmonde e preocupou-se em dar a melhor educação possível ao sobrinho.

Dessa forma, seu tio o levou a estudar e a ser educado pelos ”Irmãos da Vida Comum” (Fratis Vitae Comunis), em s-Hertogenbosch, uma comunidade religiosa fundada na Holanda, na segunda metade do século XIV que pregava uma forma não dogmática da fé, encorajando seus seguidores a buscar a salvação e a espiritualidade através de atos piedosos e de caridade.

S-Hertogenbosch, que quer dizer “Floresta do Duque”, é a cidade do famoso pintor Hieronymus Van Aken, conhecido atualmente como Hieronymus Bosch (1450-1516). Essa comunidade escolar teve como um de seus alunos, cinquenta anos antes de Mercator, o humanista conhecido como Erasmos de Roterdã (1466-1536) cujo nome de batismo era Gerrit Gerritszoon e, latinizado, Desiderius Erasmus Roterodamus. Na época, “latinizar” o nome indicava sinal de cultura maior. Assim, Gerard Cremer mudou seu nome para Gerardus Mercator de Rupelmundanus substituindo o Cremer por Mercator que, em holandês, significa mercador.

Nessa comunidade, nos anos seguintes, Mercator iniciou o que chamavam de “trivium”: Gramática Latina, Lógica e Retórica (a habilidade oral e escrita para apresentar-se). Entretanto, além de estudar, os alunos faziam diferentes tipos de trabalhos manuais, sobretudo transcrever documentos. Já havia grande quantidade de firmas impressoras por toda a Europa e a arte de escrever manuscritos estava em desuso, todavia esse aprendizado teve boas e gratificantes consequências para ele.

Seguindo as recomendações de seu tio Gisbert, foi matriculado em 1530 na Universidade de Louvain (Lovaina), cidade a cinquenta quilômetros a oeste de Bruxelas. Louvain já tinha sido uma cidade próspera no início do século XIV, quando possuía umas das mais importantes redes de tecelagens da região de Flandres. Mas no fim do século XV essa riqueza estava praticamente extinta com a concorrência inglesa e as diversas guerras pelo poder dentro do ducado.
Em 1425, o Duque João IV conseguiu junto ao Papa a bula para a fundação da Universidade. Cidades como Bologna (1088), Paris (1090) e Oxford (1096) já tinham Universidades. Na França, em meados de 1425, existiam mais de 23 Universidades e na região que atualmente é a Alemanha, havia quase o mesmo número.

Entretanto, quando Mercator foi estudar Humanidades e Filosofia, Louvain tinha se transformado em uma das mais importantes Universidades europeias e, sem dúvida, a mais respeitada dos Países Baixos. Seu colega e contemporâneo, Andries Van Wesel cujo nome latinizado era Andreas Vesalius (1514-1564), ganhara fama como um dos primeiros anatomistas da Europa. Contudo, na Universidade de Louvain, a qualidade de ensino contrastava com o caráter político de apoio incondicional à Contra Reforma Católica.

Em 1532, Gerardus graduou-se com o título de “Maisterii Gradum”. Viajou por Flandres conhecendo Antuérpia e outras cidades, voltando para Louvain a fim de estudar com um dos seus professores, Gemma Frisius (1508 –1555). Já conquistara a reputação por toda a Europa como um dos mais conceituados matemáticos e cosmógrafos dos Países Baixos. Nesse momento, Frisius tinha acabado de desenvolver os conceitos matemáticos e os instrumentos científicos necessários para o “planimetrum”, a técnica de triangulação para mensurar grandes espaços ou levantamento topográfico.

Com o suporte intelectual e formal de Frisius, aprendeu grande repertório de Matemática, Astronomia e Geografia, evidentemente, relativo à sua época. Mas o mais importante é que Frisius, junto com seu gravador e ourives Caspar Van Heyden, convidaram Mercator a trabalhar na fabricação de globos terrestres e instrumentos científicos, tendo em vista que ele poderia colaborar, pois possuía a habilidade de caligrafia aprendida em s-Hertogenbosch.
Entre os inúmeros instrumentos que eram fabricados nesse ateliê, havia o “anel do astrônomo”, o qual, além de fazer o trabalho do astrolábio, efetuava cálculos para medir a altitude das estrelas e várias tarefas para a medição de ângulos celestiais, e até mesmo cálculos para signos do zodíaco.
Além disso, esses instrumentos eram fabricados com muito cuidado para deixar à mostra a beleza e o luxo. No entanto, o que mais os gratificavam em valor e prestígio eram os globos.

Construir globos terrestres foi bem mais complexo e difícil do que parecia à primeira vista. Além de fazer a estrutura em madeira para apoio, tinha de fazê-lo de acordo com as exigências e necessidades da circunfericidade, o que envolvia conceitos de trigonometria. Resolvendo isso, tinha-se o ponto principal que era o mapa que recobria o globo.

A influência de Gemma Frisus na confecção de instrumentos de cálculos e aparelhos marítimos, mais a vivência em s-Hertogenbosch, quando estudou na ”Irmãos da Vida Comum” (Fratis Vitae Comunis) aprendendo a transcrever documentos, fizeram com que Mercator estivesse no lugar certo, no momento certo e com as qualidades necessárias para tornar-se um dos mais famosos e conceituados gravadores em placas de cobre de sua geração.
Aproximadamente 20 anos após os primeiros livros impressos, a imprensa estabeleceu-se em Louvain. A grande contribuição dos especialistas em impressão, em Flandres, foi a percepção de que para desenhos e mapas as placas de cobre eram mais precisas e mais rápidas de serem trabalhadas do que as placas de madeira que eram usadas nas prensas de impressão.